明
洪武元年（1368），泉州置卫指挥使司，领左、右、中、前、后五千户所，隶福建都指挥使司。这是明朝在泉州设置的第一批海防军卫所。
洪武二年（1369）， 福建全省八路先后改为福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。改泉州路为泉州府，隶福建行中书省；泉州府仍领晋江、南安、同安、惠安、安溪、永春、德化七县。
洪武三年（1370年） ，明廷在泉州设立福建市舶司，管理对琉球（今台湾）的贸易。
洪武七年（1374年） 正月，罢福建（泉州）市舶司，严海禁以防倭寇。泉州官方海外通商贸易基本停止。
洪武九年（1376年）：废除行中书省机构，各省分别设立承宣布政使司、提刑按察司和都指挥使司等“三司”，以掌行政、司法、军政大权，并直属中央。布政使司下领府、州、县。改福建行中书省为福建承宣布政使司，泉州府隶之。
洪武十七年（1384年）， 明廷实行防倭封海，废澎湖巡检司。
洪武二十年（1387年） 明廷命江夏侯周德兴到福建沿海福、兴、漳、泉四府经略海防。改永宁寨为永宁卫，于浯洲置金门守御千户所，另筑峰上、田浦、官澳、陈坑、烈屿、祥芝等处巡检司，屯兵驻守，以备倭寇。祥芝巡检司并造司城，周一百五十丈，高二丈，寓铺六，有南北二门。始筑厦门城。至洪武三十一年，在泉州沿海先后增设：永宁卫，福全、崇武、中左、金门、高浦5个守御千户所，巡检司45个，筑卫所司城16座，以加强海防。